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Item Estudo dos genes de micro-exon (MEGs) do parasita humano Schistosoma mansoni e da interação de seus produtos protéicos com células humanas(2017-05-29) Marco, Ricardo deEste projeto tem como objetivo estudar genes de micro-exons (MEGs) e seus produtos proteicos que se encontram na interface parasita-hospedeiro. Realizaremos a ensaios para entender a interação de PCMs (proteínas codificadas por micro-exon genes) com proteínas e células humanas. Resultado obtidos pelo nosso grupo demonstram que diferentes classes de PCMs estão envolvidas na hemolise de eritrócitos, bem como na interação com proteínas de linfócitos humanos. Em adição, dando continuidade a estudos bioinformaticos relacionados a estes genes, realizaremos analises bioinformáticas buscando entender a evolução da estrutura genica das MEGs.Item Emprego de ensaios de HTS na identificação de compostos guia de produtos naturais e abordagens de planejamento racional de fármacos a alvos selecionados de doenças parasitárias(2017-05-29) Thiemann, Otavio HenriquePara a descoberta de novos compostos biologicamente ativos contra doença é necessária à avaliação de um grande número de extratos e compostos puros através de ensaios biológicos ou bioquímicos. A probabilidade de identificar novos compostos bioativos depende do número e diversidade química das amostras avaliadas, além da especificidade dos ensaios. Após a identificação de uma nova molécula bioativa, a caracterização estrutural e das interações enzima alvo-ligante se faz necessária para a otimização de propriedades farmacodinâmicas. Esses estudos requerem a construção de bases de dados de compostos e o uso de métodos computacionais avançados em química medicinal. A presente proposta tem como objetivo a implementação de ensaios bioquímicos em larga escala, do inglês High-Throughput Screening (HTS), usando sistemas automatizados que requerem pequenos volumes de amostras. Estes ensaios em larga escala serão muito úteis no esforço global da rede BioprospecTa. O gerenciamento de bases de dados de compostos, onde a informação química/estrutural e biológica estará classificada e organizada, irá permitir a aplicação de métodos avançados em química medicinal computacional para o planejamento de novas moléculas bioativas candidatas a protótipos de novos fármacos. Atualmente, estudos envolvendo a triagem bioquímica de compostos puros de origem natural e sintética e de extratos é realizado em colaboração com os laboratórios de química de produtos naturais do Prof. Dr. Paulo Cezar Vieira (DQ-UFSCar), Prof. Dr. Roberto Gomes de Souza Berlinck (DFQ-IQSC) e Profa. Dra. Monica Tallarico Puppo (FMRP). O objetivo principal do laboratório é o desenvolvimento de pesquisa aplicada e fundamental, assim como de desenvolvimento tecnológico. Este esforço é focado nas áreas de planejamento molecular baseado em estruturas, especificamente e diretamente relacionado à iniciativa da rede BioprospecTa.Item Influência de dois elementos de transposição na arquitetura do genoma de Schistosoma mansoni(2014-06-30) Jacinto, Daniele SantiniElementos transponíveis são elementos genéticos capazes de transpor para diferentes locais em um genoma hospedeiro. Na sua descoberta, considerou-se que tais elementos não apresentavam funções celulares úteis, classificando-os como genes parasitas. Atualmente, além do carácter deletério, reconhece-se que eles contribuam para a evolução dos genomas e, em alguns casos, podem realizar algumas funções celulares. Utilizando recursos de bioinformática, realizamos estudos para verificar a influência de duas famílias de retrotransposons non-LTR (Perere-3 e SR2) no genoma do Schistosoma mansoni. Estudos preliminares indicam que após a divergência entre S. japonicum e S. mansoni, esses elementos tiveram uma grande expansão em seu número de cópias em S. mansoni, sem paralelo em S. japonicum. Análises das regiões intrônicas que contêm inserções de qualquer uma destas duas famílias de retrotransposon em S. mansoni, mostrou que houve aproximadamente 30% de aumento no tamanho dos íntrons e aumento do conteúdo GC, quando comparado com os íntrons ortólogos de S. japonicum. As inserções foram diferencialmente representadas ao longo das estruturas dos genes com a acumulação preferencial nos íntrons localizados nas regiões terminais dos genes. As inserções dos dois elementos de transposição tendem a orientar-se na direção oposta da transcrição dos genes. As inserções de trechos do elemento SR2 enriquecidos em motivos CpG foram observados com maior frequência do que o esperado, sugerindo que estas inserções podem contribuir nas funções de genes. Nas regiões intergênicas, foi possível prever sítios para ligação de fatores de transcrição ao longo das sequências de ambos os retrotransposons. Também foi observado que elementos SR2 tendem a se fixar em regiões que flanqueiam genes codificando proteínas transmembranares, as quais podem estar envolvidas na relação hospedeiro-parasita. Usando dados de transcrição de S. mansoni disponíveis publicamente, foram detectados 94 casos possíveis de exonização de inserções dos retrotransposons, produzindo mudanças do produto proteico. Estes resultados sugerem que os elementos Perere-3 e SR2 podem promover mudanças funcionais e estruturais relevantes nos genes de S. mansoni e pode ter contribuído significativamente para a diferenciação entre S. mansoni e S. japonicum.