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Item Estudo dos genes de micro-exon (MEGs) do parasita humano Schistosoma mansoni e seus produtos protéicos(2017-05-29) Marco, Ricardo deEste projeto tem como objetivo estudar genes de micro-exons (MEGs) e seus produtos proteicos que se encontram na interface parasita-hospedeiro. Realizaremos a expressão das principais isoformas de alguns PCMs (proteínas codificadas por micro-exon genes) em sistema heterólogo para caracterização de propriedades biofísicas e ensaios para buscando esclarecer a função destas proteínas. Ensaios de duplo-híbrido serão realizados com o intuito de buscar possíveis interações entre PCMs e proteínas de leucócitos humanos. Além disso, analises bioinformáticas compararão a estrutura da MEGs nos três organismos do gênero Schistosoma com genoma disponíveis, o S. mansoni, S. japonicum e o S. Haematobium, com a finalidade de entender melhor a evolução desta classe de genes.Item Estudo de genes envolvidos na relação parasita-hospedeiro na esquistosomose(2017-05-29) Marco, Ricardo deEste projeto tem como objetivo estudar genes que codificam proteínas que se encontram na interface parasitahospedeiro ou são secretadas. Inicialmente, será realizado um estudo de sequenciamento em larga escala, buscando caracterizar transcritos enriquecidos nos tecidos da superfície do parasita. Para isso, se estabelecerá um protocolo para extração diferencial de RNA e sequenciamento em larga escala de RNA de frações de superfície do parasita adulto, macho e fêmea. Comparação destes dados com os obtidos para vermes inteiros permitirá a determinação de transcritos enriquecidos na superfície do parasita. Paralelamente, será realizado o sequenciamento direcionado dos transcritos gerados a partir de genes de microexons, uma nova classe de genes em Schistosoma mansoni ainda não caracterizada. Estes genes são compostos de exons extremamente curtos e codificam proteínas secretadas. A caracterização preliminar, realizada por nós, indica que esses genes geram uma grande variedade de transcritos por meio de splicing alternativo. Desse modo, serão realizados experimentos de RT-PCR com primers específicos e sequenciamento utilizando RNA de diversos estágios do parasita, com o objetivo de caracterizar a expressão diferencial de formas alternativas desses transcritos ao longo do ciclo de vida do parasita. Depois disso, se realizará a expressão das principais isoformas de algumas PCMs (proteínas codificadas por microexon genes) em sistema heterólogo para caracterização de propriedades biofísicas, ensaios para esclarecer a função destas proteínas, e ensaios de Western blot e imunolocalização para a confirmação da localização dessas proteínas no tegumento do parasita adulto. A implementação deste projeto permitirá o estabelecimento de uma linha de estudo de transcriptomas no Departamento de Física e Informática do IFSC-USP. Essa linha de pesquisa permitirá a descrição de transcritos de interesse no estudo da esquistossomose, cujos produtos proteicos poderão ser futuramente estudados através de colaborações com outros membros do departamento, que possui uma tradição na expressão heteróloga e estudos estruturais de proteínas.